Thierry Warin, PhD: [R-kurssi] Kuinka: Käytä Chunk Options -ohjelmaa R Markdownissa (2024)

Koodipalat

Mikä on koodipala

R Markdown -asiakirjan koodipalat sisältävät R-koodisi.
Kaikki koodikappaleet alkavat ja päättyvät```.
R-osan kommentti kirjoitetaan a:lla#ennen lauseen alkua.

```{r chunkName}# Tämä on kommentti. R# ei käsittele kommentin vieressä olevaa tekstiä Kommentit näkyvät renderoidussa R-merkintäasiakirjassa1+2```

{r chunkName}sisältää tässä tapauksessa kielen R ja kappaleen nimen. Kielen määrittäminen on pakollista. {r}:n vieressä on kappaleen nimi. Osan nimeä ei kuitenkaan välttämättä vaadita, mutta on hyvä käytäntö antaa jokaiselle palalle yksilöllinen nimi edistyneempien neulontamenetelmien tukemiseksi.

Osion asetukset

Voit lisätä vaihtoehtoja jokaiseen koodipalaan. Näiden asetusten avulla voit mukauttaa, miten haluat koodisi käsiteltävän tai näkyvän renderoidussa tulosteessa (pdf-dokumentti, html-dokumentti jne.). Koodipalavaihtoehdot lisätään koodikappaleen ensimmäiselle riville nimen jälkeen, kiharahakasulkeisiin.

eval

Se estää koodin arvioimisen. Ja tietysti, jos koodia ei suoriteta, tuloksia ei luoda. Tämä on hyödyllinen esimerkkikoodin näyttämiseen tai suuren koodilohkon poistamiseen käytöstä kommentoimatta jokaista riviä.

```{r, eval = FALSE}# koodisi tähän```

eval = EPÄTOSI: Älä arvioi (tai suorita) tätä koodikappaletta RMD-asiakirjaa neuloessasi. Tämän osan koodi hahmonnetaan edelleen neulotussa html-tulostuksessamme, mutta R ei arvioi tai suorita sitä.

Yksi esimerkki käytöstäeval = EPÄTOSIon tarkoitettu koodikappaleelle, joka vie tiedoston, kuten kuvagrafiikka- tai tekstitiedoston. Haluat ehkä näyttää tai dokumentoida koodin, jota käytit kuvan viemiseen html- tai pdf-dokumentissasi, mutta sinun ei tarvitse viedä kyseistä tiedostoa aina, kun luot tarkistetun html- tai pdf-asiakirjan.

Kanssaeval = EPÄTOSIet voi nähdä karttaa.

kirjasto(ggplot2)maailman- <- kartta_tiedot("maailman")maailman- <- osajoukko(maailman-,alueella != "Antarktis")maailman- <- osajoukko(maailman-,alueella != "Ranskan eteläiset ja antarktiset maat")ggplot(tiedot= maailman-,aes(x= pitkä, y= lat, ryhmä= ryhmä)) + geom_polygon(täyttää= "#d9b8c9", väri= "valkoinen", koko= 0.5) + theme_void() + xlab("") + kirjoittaja("")

Kanssaeval = TOSIvoit nähdä kartan.

kirjasto(ggplot2)maailman- <- kartta_tiedot("maailman")maailman- <- osajoukko(maailman-,alueella != "Antarktis")maailman- <- osajoukko(maailman-,alueella != "Ranskan eteläiset ja antarktiset maat")ggplot(tiedot= maailman-,aes(x= pitkä, y= lat, ryhmä= ryhmä)) + geom_polygon(täyttää= "#d9b8c9", väri= "valkoinen", koko= 0.5) + theme_void() + xlab("") + kirjoittaja("")

sisältää

Se suorittaa koodin, mutta ei näytä koodia tai tuloksia lopullisessa asiakirjassa. Käytä tätä asetuskoodiin, jotta et halua sotkevan raporttiasi.

```{r, include = FALSE}# koodisi tähän```

Sen sijaan, että luettelet kaikenlaisia lähtöelementtejä, voit itse asiassa piilottaa kaiken käyttämällä yhtä kappaletta.

Kanssasisällyttää = EPÄTOSIet voi nähdä yhtään mitään

Kanssasisällyttää = TOSInäet r-kappaleen ja kartan

kaiku

Se estää koodin, mutta ei tulosten näkymisen valmiissa tiedostossa. Käytä tätä, kun kirjoitat raportteja, jotka on suunnattu ihmisille, jotka eivät halua nähdä taustalla olevaa R-koodia.

echo=FALSE: Piilota koodi tulosteessa. Koodi arvioidaan, kun Rmd-tiedosto neulotaan, mutta vain tulos renderöidään tulosdokumentissa.

```{r, echo = FALSE}# koodisi tähän```

Kanssakaiku = EPÄTOSIet voi nähdä r-kappaletta, vain karttaa

Kanssakaiku = TOSInäet r-kappaleen ja kartan

kirjasto(ggplot2)maailman- <- kartta_tiedot("maailman")maailman- <- osajoukko(maailman-,alueella != "Antarktis")maailman- <- osajoukko(maailman-,alueella != "Ranskan eteläiset ja antarktiset maat")ggplot(tiedot= maailman-,aes(x= pitkä, y= lat, ryhmä= ryhmä)) + geom_polygon(täyttää= "#d9b8c9", väri= "valkoinen", koko= 0.5) + theme_void() + xlab("") + kirjoittaja("")

fig.align

fig.alignon niin intuitiivinen kuin voi olla. Sen avulla hahmo voidaan sijoittaa jokovasemmalle,keskustataioikein.

```{r, fig.align="left"}# koodisi tähän```

juoni(autoja)

```{r, fig.align="center"}# koodisi tähän```

juoni(autoja)

```{r, fig.align="right"}# koodisi tähän```

juoni(autoja)

fig.korkeus

Korkeus, jota käytetään R:nä palan luomille kaavioille (tuumina).

```{r, fig.height=5}# koodisi tähän```

Grafiikkamme korkeudella 5

ggplot(autoja,aes(nopeus,dist)) + geom_point()

```{r, fig.height=2}# koodisi tähän```

Grafiikkamme korkeudella 2

ggplot(autoja,aes(nopeus,dist)) + geom_point()

fig.width

R-kirjaimella käytettävä leveys palan luomissa kaavioissa (tuumina).

```{r, fig.width=4}# koodisi tähän```

Grafiikkamme, jonka leveys on 4

ggplot(autoja,aes(nopeus,dist)) + geom_point()

```{r, fig.width=2}# koodisi tähän```

Grafiikkamme, jonka leveys on 2

ggplot(autoja,aes(nopeus,dist)) + geom_point()

Sisällytä_grafiikka

Voimme käyttää toimintoainclude_graphics()alkaenknitrpaketti, joka on kätevä, sillä se huolehtii eri tulostusmuodoista ja tarjoaa joitain muita ominaisuuksia. Huomaa, että verkkolähteet ovat sallittuja. Älä unohda ladata pakettiaknitraiemmin.

kirjasto(knitr)knitr::Sisällytä_grafiikka("image.png")

fig. show

Osavaihtoehtofig.show = 'piilota'voit piilottaa tulosteen.

```{r, fig.show = "piilota"}# koodisi tähän```

tuloksia

Osavaihtoehtotulokset = piilotavoit arvioida koodia, mutta tuloksia tai koodia ei hahmonneta tulosteen asiakirjassa. Tämä on hyödyllistä, jos tarkastelet suuren objektin rakennetta (esim. suuren data.frame-tulokset, joka vastaa laskentataulukkoa R:ssä).

```{r, tulokset = piilota}# koodisi tähän```

virhe

virhe = EPÄTOSIsaa renderöinnin jatkumaan, vaikka koodi palauttaisi virheen. Harvoin haluat sisällyttää tämän raportin lopulliseen versioon, mutta se voi olla erittäin hyödyllistä, jos sinun on selvitettävä, mitä .RMd:ssä tapahtuu. Se on hyödyllistä myös, jos opetat R:tä ja haluat tarkoituksella lisätä virheen.

Oletusarvo,virhe = TOSIaiheuttaa neulomisen epäonnistumisen, jos asiakirjassa on yksittäinen virhe.

```{r, error = TRUE}# koodisi tähän```

```{r, error = FALSE}# koodisi tähän```

Viitteet

Code Chunks by R Data Sciencelletässä
Leah Wasserin R Markdown -koodipalojen käyttäminentässä
Yihuin blogi, kirjoittanut Yihui Xietässä
R Markdownin viiteopastässä
Yksi pieni asia: knitr Chunk Option include=FALSEtässä