Seuraavaksi opit koodilohkoistaR Markdown
tiedostot.
Oppimistavoitteet
Tämän toiminnon päätteeksi:
- Pystyy lisäämään koodia koodin osaan
.Rmd
tiedosto. - Pystyy lisäämään vaihtoehtoja koodipalaan
RStudio
.
Mitä tarvitset
Tarvitset uusimman versionR
ja mieluitenRStudio
ladattu tietokoneellesi suorittaaksesi tämän opetusohjelman.
Asenna R-paketit
- neuloa:
install.packages("knitr")
- rmarkdown:
install.packages("rmarkdown")
Olet jo oppinut, että an.Rmd
asiakirja sisältää kolme osaa
- A
YAML
otsikko. - Markdown-syntaksin tekstipalat, jotka kuvaavat käsittelyn työnkulkua tai ovat raportin tekstiä.
- Koodipalat, jotka käsittelevät, visualisoivat ja/tai analysoivat tietojasi.
Puretaan koodipaloja.Rmd
tiedostot.
Vinkkejä Data: Voit lisätä kooditulosteen tai anR
objektin nimi RMD:n merkintäsegmenteille. Katso lisää tästäR Markdownin dokumentaatio.
Koodipalat
Koodipalat anR Markdown
asiakirja sisältää sinunR
koodi. Kaikki koodikappaleet alkavat ja päättyvät```
– kolme selkäpuikkoa tai hautaa. Näppäimistössäsi takakuviot löytyvät samasta näppäimestä kuin aaltoviiva (~). Haudat eivät ole sama asia kuin heittomerkki!
Koodipala näyttää tältä:
``` {r chunk-name-with-no-spaces}# koodi menee tähän ```
Ensimmäinen rivi:``` {r osan-nimi-ei-välilyöntejä}
sisältää kielen (r
) tässä tapauksessa ja osan nimi. Kielen määrittäminen on pakollista. Vieressä{r}
, on palan nimi. Palan nimeä ei kuitenkaan välttämättä vaadita, mutta on hyvä käytäntö antaa jokaiselle palalle yksilöllinen nimi, jotta ne tukevat kehittyneempiä neulontamenetelmiä.
Valinnainen haaste: Lisää koodipaloja R Markdown -tiedostoosi
Jatka lisäämistä kohtaan.Rmd
asiakirja, jonka loit edellisellä oppitunnilla. Luo viimeisen juuri lisäämäsi osion alle koodipala, joka suorittaa perusmatematiikan.
```{r suorita matematiikka }# suorita lisäys <- 1+2b <- 234# vähennä a:sta blopullinen_vastaus <- b - a# kirjoita lopullinen vastaus muuttujalopullinen_vastaus```
Lisää sitten toinen pala. Anna sille eri nimi.
```{r matematiikka-toinen osa } # Lisää matematiikkaa! a * b a * b / lopullinen_ vastaus ```
Suorita nyt koodi tässä osassa.
Voit suorittaa koodipaloja:
- Rivi riviltä:Kun kohdistin on nykyisellä rivillä,Ctrl+Tulla sisään(Windows/Linux) taiKomento+Tulla sisään(Mac-käyttöjärjestelmän kymmenes versio).
- Kappaleen mukaan:Voit suorittaa koko osan (tai useita paloja) napsauttamalla
Palat
avattavasta valikosta skriptiympäristön oikeassa yläkulmassa ja valitsemalla sopiva vaihtoehto. Näille vaihtoehdoille on saatavana pikanäppäimiä.
Huomaa, että olet ottanut käyttöön jokaisessa koodilohkossasikommentteja
. Kommentit ovat koodimme rivejä, joita ei suoritaR
. Niiden avulla voimme kuitenkin kuvata koodimme tarkoitusta. Ota tavaksi lisätä kommentteja koodaaessasi. Saat lisätietoja tästä, kun purat tieteellisen ohjelmoinninR
myöhemmässä opetusohjelmassa.
Koodilohkon asetukset
Voit lisätä vaihtoehtoja jokaiseen koodipalaan. Näiden asetusten avulla voit mukauttaa, kuinka tai haluatko koodin käsiteltävän tai näkyvän renderoidussa tulosteessa (pdf-dokumentti, html-dokumentti jne.). Koodipalavaihtoehdot lisätään koodikappaleen ensimmäiselle riville nimen jälkeen, kiharahakasulkeisiin.
Alla oleva esimerkki on koodikappale, jota R ei "ajoa" tai arvioi. Osassa oleva koodi näkyy tulosdokumentissa, mutta koodista ei kuitenkaan tule ulostuloja.
```{r intro-option, eval = FALSE}# tämä on kommentti. teksti kommentin vieressä, jota R# ei käsittele Kommentit näkyvät renderoidussa r-merkintäasiakirjassa1+2 ```
Yksi esimerkki käytöstäeval = EPÄTOSI
on tarkoitettu koodikappaleelle, joka vie tiedoston, kuten kuvagrafiikka- tai tekstitiedoston. Haluat ehkä näyttää tai dokumentoida koodin, jota käytit kuvan viemiseenhtml
taipdf
asiakirjaa, mutta sinun ei tarvitse viedä kyseistä tiedostoa aina, kun luot tarkistetunhtml
taipdf
asiakirja.
3 yleistä lohkovaihtoehtoa: Eval, Echo & Results
Kolme yleistä koodilohkovaihtoehtoa ovat:
eval = EPÄTOSI
: Äläevaluate (tai suorita) tämä koodikappale, kun neuloat RMD-asiakirjaa. Tämän osan koodi hahmonnetaan edelleen neuloksessammehtml
tulos, mutta sitä ei arvioida tai suorittaaR
.echo=FALSE
: Piilota koodi tulosteessa. Koodi arvioidaan, kunRmd
tiedosto neulotaan, mutta vain tulos renderöidään tulosteen asiakirjassa.tulokset=piilota
: Koodipala arvioidaan, mutta tuloksia tai koodia ei hahmonneta tulosteen asiakirjassa. Tämä on hyödyllistä, jos tarkastelet suuren objektin rakennetta (esim. suuren kohteen lähtöjädatakehys
joka vastaa laskentataulukkoaR
).
Samalle osalle voidaan käyttää useita koodilohkovaihtoehtoja.
Valinnainen haaste: Lisää koodia R Markdown -asiakirjaasi
Lisää uusi pala seuraavilla argumenteilla. Kuvaile sitten omin sanoin, milloin saatat haluta käyttää kutakin näistä argumenteista. VINKKI: Harkitse raportin luomista kaavioilla, joissa sinulla on paljon koodia luomaan kyseiset kaaviot.
```{r testing-arguments, eval = EPÄTOSI } # Lisää matematiikkaa! a * b a * b / lopullinen_ vastaus ```
```{r testing-arguments, echo=FALSE } # Lisää matematiikkaa! a * b a * b / lopullinen_ vastaus ```
```{r testing-arguments, results="hide" } # Lisää matematiikkaa! a * b a * b / lopullinen_ vastaus ```
Neulot omasiR Markdown
dokumentoida.html
seuraavalla oppitunnilla.
Lisäresurssit
Muunna R Markdown PDF- tai HTML-muotoon
Johdatus Markdowniin