Garrett Grolemund
16. heinäkuuta 2014
Interaktiiviset asiakirjat ovat uusi tapa rakentaa kiiltäviä sovelluksia.Interaktiivinen asiakirja onR -merkintäTiedosto, joka sisältää kiiltäviä widgetejä ja tulosteita.Kirjoitat raportinmerkintä, ja käynnistä se sitten sovelluksena painikkeen napsautuksella.
Tämä artikkeli näyttää kuinka kirjoittaa R Markdown -raportti.
Kumppanin artikkeli,Johdanto vuorovaikutteisiin asiakirjoihin, näyttää sinulle, kuinka R -merkinnän raportti voidaan muuttaa interaktiiviseksi asiakirjaksi kiiltävien komponenttien kanssa.
R -merkintä
R Markdown on tiedostomuoto dynaamisten asiakirjojen tekemiseksi R. R: n kanssa R-merkinnän asiakirja on kirjoitettu Markdown-muodossa (helppo kirjoittaa tavallinen tekstimuoto) ja se sisältää sulautetun R-koodin paloja, kuten alla oleva asiakirja.
--- Lähtö: HTML_DOCUMENT --- Tämä on R-merkinnän asiakirja.Markdown on yksinkertainen muotoilun syntaksi HTML-, PDF- ja MS Word -asiakirjojen kirjoittamiseen.Lisätietoja R Markdownin käytöstä on.Kun napsautat ** neuloa ** -painiketta luodaan asiakirja, joka sisältää sekä sisällön että kaikkien upotettujen R -koodin palojen tulosteen.Voit upottaa R -koodin palan, kuten näin: `` `{r} yhteenveto (autot)` `` `voit myös upottaa kuvaajia, esimerkiksi` `` {r, echo = false} tontti (auto) `` `Huomaaettä koodipalaan lisättiin `echo = false` -parametri, joka estää tontin luoman R -koodin tulostamisen.
R Markdown -tiedostot on suunniteltu käytettäväksirimarkkinointi
paketti.rimarkkinointi
tulee asennettuna RStudio IDE: n kanssa, mutta voit hankkia oman kopionrimarkkinointi
Cranilta komennolla
asenna.Packages ("rmarkdown")
R Markdown -tiedostot ovat lähdekoodi rikkaille, toistettaville asiakirjoille.Voit muuttaa R -merkinnän tiedoston kahdella tavalla.
neuloa- Voitneuloatiedosto.Se
rimarkkinointi
paketti soittaaknitr
paketti.knitr
Suorittaa jokaisen R -koodin palat asiakirjassa ja liittää koodin tulokset koodin vieressä olevaan asiakirjaan.Tämä työnkulku säästää aikaa ja helpottaa toistettavia raportteja.Mieti, kuinka kirjoittajat sisältävät tyypillisesti kuvaajat (tai taulukot tai numerot) raporttiin.Kirjailija tekee kaavion, tallentaa sen tiedostona ja kopioi ja liittää sen loppuraporttiin.Tämä prosessi perustuu käsityöhön.Jos tiedot muuttuvat, tekijän on toistettava koko prosessi kaavion päivittämiseksi.
R-merkinnän paradigmassa kukin raportti sisältää tarvitsemansa koodin omien kaavioidensa, taulukoiden, numeroiden jne. Valottamiseksi jne. Kirjailija voi päivittää raportin automaattisesti uudelleensijoittamalla uudelleen.
muuntaa- Voitmuuntaatiedosto.Se
rimarkkinointi
paketti käyttääpandoc
Ohjelma tiedoston muuttamiseksi uudeksi muotoksi.Voit esimerkiksi muuntaa .rmd -tiedostosi HTML-, PDF- tai Microsoft Word -tiedostoksi.Voit jopa muuttaa tiedoston HTML5- tai PDF -diaesityksenä.rimarkkinointi
Säilyttää alkuperäisen .RMD -tiedoston sisältämän tekstin, koodin tulokset ja muotoilun.Muutoksen avulla voit tehdä alkuperäisen työn Markdownissa, jota on erittäin helppo käyttää.Voit sisällyttää RODE -koodin neulottuun, ja voit jakaa asiakirjan moniin muodoihin.
Käytännössä kirjoittajat neulottiin melkein aina ja muuntavat asiakirjat samanaikaisesti.Tässä artikkelissa käytän termiätehdäViitata kaksivaiheiseen neulomisprosessiin ja R -merkintätiedoston muuntamiseen.
Voit tehdä manuaalisesti R -merkinnän tiedostonrmarkdown :: render ()
.Tätä yllä oleva asiakirja näyttää, kun se tehdään HTML -tiedostona.
Käytännössä sinun ei tarvitse soittaarmarkdown :: render ()
.Voit käyttää painiketta RStudio IDE: ssä tehdäksesi uusintasi.R Markdown on voimakkaastiintegroitu RStudio IDE: hen.
Aloittaminen
Luo R -merkinnän raportti avaa tavallinen tekstitiedosto ja tallenna se laajennuksella.Rmd.Voit avata Scripts Editor -sovelluksen tavallisen tekstitiedoston napsauttamalla tiedosto> Uusi tiedosto> Tekstitiedosto RStudio -työkalurivillä.
Tallenna tiedosto laajennuksella.Rmd.RStudio IDE mahdollistaa useita hyödyllisiä painikkeita, kun tallennat tiedoston .rmd -laajennuksella.Voit tallentaa tiedostosi napsauttamalla tiedosto> Tallenna RStudio -työkalurivillä.
R Markdown -raportit luottavat kolmeen kehykseen
- Merkintä muotoiltulle tekstille
knitr
Sulautetulle R -koodille- Yaml render -parametreihin
Alla olevat kohdat kuvaavat jokaista kehystä.
Merkintä muotoiltulle tekstille
.Rmd -tiedostojen on tarkoitus sisältää tekstiä kirjoitettumerkintä.Markdown on joukko yleissopimuksia tavallisen tekstin muotoiluun.Voit ilmaista Markdown
- rohkea ja kursivoitu teksti
- luettelot
- Otsikot (esim. Leikkausnimikkeet)
- hyperlinkit
- Ja paljon muuta
Markdown -yleissopimukset ovat erittäin häiritsemättömiä, jotka tekevät merkinnän tiedostoista helppo lukea.Seuraava tiedosto käyttää useita hyödyllisimpiä Markdown -yleissopimuksia.
# Sano hei Markdownmarkdown on ** helppo käyttää ** -muotoa raporttien kirjoittamiseen.Se muistuttaa sitä, mitä kirjoitat luonnollisesti joka kerta, kun kirjoitat sähköpostia.Itse asiassa olet jo käyttänyt Markdownia *ymmärtämättä sitä *.Nämä verkkosivustot luottavat kaikki Markdown -muotoiluun* [github] (www.github.com)* [StackOverFlow] (www.stackoverflow.com)* [reddit] (www.reddit.com)
Tiedosto osoittaa, kuinka Markdown osoittaa:
otsikot- Aseta yksi tai useampi hashtagi linjan alussa, joka on otsikko (tai alaotsikko).Esimerkiksi,
# Tervehdi Markdownia
.Yksi hashtag luo ensimmäisen tason otsikon.Kaksi hashtagia,##
, luo toisen tason otsikon ja niin edelleen.kursivoitu ja rohkea teksti- Surround italikoitunut teksti tähdellä, kuten tämä
*ymmärtämättä sitä*
.Ympäröi rohkea teksti kahdella tähdellä, kuten tämä** Helppo käyttää **
.luettelot- Ryhmä linjat luodinpisteisiin, jotka alkavat tähdellä.Jätä tyhjä rivi ennen ensimmäistä luodia, kuten tämä
Tämä on luettelo * Kohta 1 * Kohta 2 * Kohta 3
hyperlinkit- Sulje -yhteydet suluihin ja tarjoa sitten linkkikohde suluihin, kuten tämä
[Github] (www.github.com)
.
Voit oppia lisää Markdownin yleissopimuksistaMarkdown PikaviiteOpas, joka tulee RStudio IDE: n mukana.
Päästäksesi oppaan avaa a.Mdtai.RmdTiedosto RStudiossa.Napsauta sitten kysymysmerkkiä, joka näkyy skriptit -ruudun yläosassa.Valitse seuraavaksi ”Markdown Quick Reference”.Rstudio avaaMarkdown PikaviiteOpas ohjeikkunassa.
Renderointi
Voit muuttaa Markdown -tiedostosi HTML-, PDF- tai Word -asiakirjiksi napsauttamalla skriptin editorissa tiedoston yläpuolella näkyvää ”neuloa” -kuvaketta.Pudottavan valikon avulla voit valita haluamasi lähtötyypin.
Kun napsautat painiketta,rimarkkinointi
Kopioi tekstisi uuteen tiedostomuotoon.rimarkkinointi
käyttää MARKOND -syntaksia tarjoamiasi muotoiluohjeita.
Kun tiedosto on esitetty, RStudio näyttää sinulle esikatselun uudesta lähtöstä ja tallentaa lähtötiedoston työhakemistoon.
Näin yllä oleva Markdown -komentosarja näyttäisi jokaisessa lähtömuodossa.
Huomaa: RStudio ei rakenna PDF- ja Word -asiakirjoja tyhjästä.Tietokoneeseen asennetun lateksin jakelu on asennettu PDF: ien ja Microsoft Wordin (tai vastaavan ohjelman) asettamiseksi sanatiedostojen valmistukseen.
Knitr sulautetulle R -koodille
Seknitr
Paketti laajentaa perusmerkinnän syntaksia sisällyttämään suoritettavan R -koodin palat.
Kun teet raportin,knitr
Suorittaa koodin ja lisää tulokset tulostetiedostoon.Sinulla voi olla lähtöäyttö vain koodin, vain tulokset tai molemmat.
Upottaaksesi R -koodin kappaleen raporttiin, ympäröi koodi kahdella rivillä, jotka kumpikin sisältävät kolme backickia.Ensimmäisen backicks -sarjan jälkeen sisällytä{r}
, mikä hälyttääknitr
että olet sisällyttänyt R -koodin.Tulos näyttää tältä
Tässä on joitain koodia "`rdim (Iris) `` `` `` ## [1] 150 5```
Kun teet asiakirjan,knitr
Suorittaa koodin ja liittää tulokset Code Chunkiin.knitr
tarjoaa muotoilun ja syntaksin korostamisen sekä koodille että sen tuloksille (tarvittaessa).
Seurauksena on, että yllä oleva Markdown -katkelma näyttää tältä, kun se on tehty (HTML).
Jättää poistuloksetLopullisesta raportistasi (eikä koodia suorita) lisää argumenttiEvio = väärä
kiinnikkeiden sisällä ja sen jälkeenr -
.Tämä asettaa koodin koodista raporttiin.
Jättää poiskoodiLopullisesta raportista (lisäämällä tuloksia) lisää argumenttikaiku = väärä
.Tämä asettaa kopion tuloksista raporttiin.
kaiku = väärä
on erittäin kätevä tonttien lisäämisessä raporttiin, koska et yleensä halua nähdä koodia, joka tuottaa kuvaajan.
kaiku
jaarvioida
eivät ole ainoat argumentit, joiden avulla voit mukauttaa koodin paloja.Voit oppia lisää koodipalkkien tulosteen muotoilustarimarkkinointijaknitrverkkosivustot.
Sisäinen koodi
R -koodin upottamiseksi tekstiriviin, ympäröi koodi parilla backickilla ja kirjaimellar -
, näin.
Kaksi plus kaksi vastaa 4.
knitr
korvaa inline -koodin tuloksella lopullisessa asiakirjassa (inline -koodi onainakorvataan tuloksella).Tulos näyttää ikään kuin se olisi osa alkuperäistä tekstiä.Esimerkiksi yllä oleva katkelma näyttää tältä:
Yaml render -parametreihin
Voit hallita YAML -otsikkoa mitenrimarkkinointi
tekee .rmd -tiedostosi.Yaml -otsikko on osaAvain: arvo
parit ympäröimänä---
Merkit, kuten alla
--- Otsikko: "Nimetön" kirjoittaja: "Garrett" Päivämäärä: "10. heinäkuuta 2014" Lähtö: HTML_DOCUMENT --- Jotkut inline r -koodit, 4.
Selähtö:
Arvo määrittää, minkä tyyppinen tulos on muuntaa tiedoston, kun soitatrmarkdown :: render ()
.Huomaa: Sinun ei tarvitse määrittäälähtö:
Jos teet tiedostosi RStudio IDE Knit -painikkeella.
lähtö:
tunnistaa seuraavat arvot:
html_document
, joka luo HTML -lähtöä (oletus)pdf_document
, joka luo PDF -lähtöäWord_document
, joka luo sanan ulostulosta
Jos käytät RSTUDIO IDE Knit -painiketta tiedoston tekemiseen, GUI: n tekemäsi valinta ohittaalähtö:
asetus.
Diaesitys
Voit myös käyttäälähtö:
Arvo, joka tekee asiakirjastasi diaesityksenä.
Tulos: iOSlides_presentation
luo iOSLIDES (HTML5) diaesityksenLähtö: Beamer_presentation
Luo Beamer (PDF) -esityksen
HUOMAUTUS: Knit -painike RStudio IDE: ssä päivitetään näyttämään diaesitysvaihtoehtoja, kun sisällytät yhden yllä olevista tulostusarvoista ja tallenna .RMD -tiedosto.
rimarkkinointi
Muuttaa asiakirjan diaesitykseksi käynnistämällä uusi dio jokaisessa otsikossa tai vaakasuorassa (esim.***
).
Vieraillarmakdown.rstudio.comOppiaksesi lisää YAML -vaihtoehtoja, jotka hallitsevat renderöintiprosessia.
Kertaus
R Markdown -asiakirjat tarjoavat nopean, toistettavan raportoinnin.knitr
syntaksi.
Voit päivittää asiakirjan milloin tahansa liittämällä koodin palat uudelleen.
Voit sitten muuntaa asiakirjan useiksi yleisiin muotoihin.
R Markdown -asiakirjat toteuttavat Donaldin Knuthin idean lukutaitoisesta ohjelmoinnista ja ottamaan käsityöt pois kirjoittamisesta ja ylläpidosta raporttien.Lisäksi he oppivat nopeasti.Tiedät jo Ecnoughin Markdownista, Knitristä ja Yamlista aloittaaksesi oman R -merkinnän raporttiesi kirjoittamisen.
Seuraavassa artikkelissaJohdanto vuorovaikutteisiin asiakirjoihin, Opit kuinka lisätä interaktiivisia kiiltäviä komponentteja R -merkinnän raporttiin.Tämä luo nopean työnkulun kevyiden kiiltävien sovellusten kirjoittamiseen.
Lisätietoja R Markdownista ja interaktiivisista asiakirjoista on käymällärmarkdown.rstudio.com.